Shift_JISコードにおけるShift_JIS-2004とWindows-31Jの相違点
1)JIS第3,4水準漢字とNEC選定IBM拡張文字及びIBM拡張文字における相違点
2)空き領域における相違点
3)Unicode相互変換における相違

JIS 第3,4水準漢字とNEC選定IBM拡張文字及びIBM拡張文字における相違点
JIS X0208-1990の空き領域に追加されたJIS第3水準漢字(1面14区〜1面15区,1面47区52点〜1面47区94点および1面84区7点〜1面94区94点)、JIS第4水準漢字(2面1区,2面3区〜2面5区,2面8区,2面12区〜2面15区,および2面78区〜2面94区)の割り当て領域は、Windows-31Jにて追加されたNEC選定IBM拡張文字(89区から92区)、IBM拡張文字(115区〜119区)と一部同じ領域を使用しています。
Shift_JIS-2004とWindows-31Jの文字コード範囲に直すと0xED40〜0xEEFCと0xFA40〜0xFC4Bまでの領域が同じとなります。
ただ、文字コードが同じ領域に割り当てられていても文字コードとグリフとUnicode変換先の対応関係が同じであれば、問題はありません。
しかし、この領域では文字コードとグリフの関係が全く異なるものが763文字存在します。
(当然、グリフを基準とするUnicode変換先も異なります)

デ変研内部UCS2(DUCS)の導入
デ変研のライブラリ内での文字コード変換テーブルの基礎はShift_JIS⇔Unicodeを使用しています。しかし、JIS X0213:2004符号化表現であるShift_JIS-2004の一部の文字にはUnicode変換した際に基本多言語面(BMP)以外に割り当てられる文字や合成文字(*4)となる文字が328文字存在します。そこで、デ変研ライブラリではそれらの文字をUnicodeの私用領域(外字領域)U+E000〜U+F8FFのうちU+F1A0〜U+F2E7までに割り当てることにより、内部の文字コード変換テーブルをできる限り小さくしています。それ以外の文字については UTF-16にて表現しており、あわせてDUCS(デ変研内部UCS2)と規定しています。ただし、私用領域に割り当てを行っているため、他で同じ私用領域を使用されていた場合、誤変換が発生するといった問題はあります。例えば駆の旧字体『駈』をUnicodeのU+F1B9にユーザが割り当てたとして、入力にU+F1B9が入ってきた場合変換文字は『丈｀』となってしまいます。
尚、DUCSにて特別に割り当てられる文字と割り当て位 置については別途DUCSの一覧表を資料として準備しています。(*5)

*4 複数の文字から１つの文字を合成する仕組み *5 補足資料が必要でしたらお問い合わせください
*6 ひらがな「か」に半濁点 *7 漢字の「丈」の右肩に 点